Historiquement, et avant le résultat des accréditations, seuls deux centres d'enseignement pouvaient faire référence à l'AFO, il s'agissait de :
EOG (Genève), berceau de l'ostéopathie en Europe et de
OSTEOBIO, première école de Biomécanique appliquée à l'ostéopathie.
Formation en alternance : 6 ans
EOG-Genève (EOG.ch) en Suisse Romande depuis 1963
(Au sein de l'AOI en 1963, puis du COE en 1967, puis du CEE en 1973 et enfin de l'EOG en 1999)
Cette formation sur 2200 h s'est adressée essentiellement aux professionnels de santé : médecins, chiropraticiens, physiothérapeutes et masseurs kinésithérapeutes. Depuis le 1er juillet 2008, cette école s'est muée, sous le nom de EOG-FC, en école de formation continue exclusivement réservée aux ostéopathes diplômés.
Temps plein cycle long : 6 ans
OstéoBio-Cachan (Osteobio.net) en France (IdF) depuis 1988
Les études se déroulent sur trois cycles. L'ensemble du cursus, cours obligatoires, audiovisuel, travaux de groupe, clinique, stages et assistanat, correspond à plus de cinq mille heures d'études, architecturées sur le modèle LMD.
Le modèle biomécanique de l'appareil locomoteur élu ANVAR en 2000 et ses déclinaisons aux autres systèmes font de cette école un creuset de bio-technologies appliquées à l'ostéopathie et transférées dans de nombreux domaines.
L'admission à OSTEOBIO nécessite l'obtention du baccalauréat et tient compte de la motivation des candidats pour faire des études exigeantes. Mais de plus en plus d'étudiants intègrent le cursus OSTEOBIO avec un DEUG bio ou diplôme équivalent.
Cette école agréée par le Ministère de la Santé le 9 août 2007 continue son enseignement dans le respect des référentiels de la profession.
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